母子公司 和 总分公司 是两个不同的隶属关系，概念相差很大。
分公司更像是总公司的一个部门，业务帐都是记在总公司上的，只需在附加的成本核算凭证上标明核算项目（可以是利润中心、成本中心，也可以是具体的项目）。
子公司是独立核算的实体，要出具独立的外部报表给财政税务部门，子公司之间存在采购和销售结算的关系，这样产生的内部销售收入和内部销售成本需要抵消，才能反映母公司合并后真实的利润。
不知道贵公司的下属公司是子公司 还是 分公司，如果是分公司，财务模块可以解决的，如果是子公司，可能就要继续研究合并和抵消的问题了。
